Фамилия Панкаля — редкий случай, когда сразу бросается в глаза нехарактерное для русского языка окончание. Она явно не вписывается в ряд типичных фамилий на -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение нужно искать за пределами великорусской ономастической модели.

Скорее всего, перед нами фамилия балтийского или западнославянского корня. Наиболее вероятная версия — литовская основа. В литовском языке есть слово «pankalas» (или «pankolis»), которое означает «непоседа», «сорванец», «озорник» или, в более мягком варианте, «шалун». Прозвище Панкаля могли дать человеку подвижному, беспокойному, непослушному. Окончание «-я» в русской передаче — типичное оформление литовских фамилий (сравните: Будра, Мажейка, Савицкас). По другой версии, корень может восходить к польскому «pąk» (почка, бутон) или «pękać» (лопаться, трескаться), но это даёт менее убедительную смысловую связь для прозвища.

Интересно, что фамилия сохранила редкую орфографию с мягким знаком. Встречается она преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, Литвы и Польши. Сословной привязки нет: прозвище Панкаля могло закрепиться и за крестьянином, и за мещанином. В русском контексте такая фамилия — свидетельство тесных контактов с балтийскими народами, а её носители, скорее всего, потомки литвинов или поляков, обрусевших в XIX–XX веках.