Фамилия Панкратенков образована от мужского крестильного имени Панкрат, которое в просторечии закрепилось как укороченная форма церковного имени Панкратий. В переводе с древнегреческого оно означает «всевластный, всемогущий» — от слов «пан» (всё) и «кратос» (власть, сила). Так что в основе фамилии лежит не прозвище, а именно крестильное имя, которое давали при рождении.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: к основе Панкрат последовательно добавились два суффикса — сначала уменьшительный -енк-, а затем притяжательный -ов. Такая двухступенчатая схема (Панкрат → Панкратенко → Панкратенков) типична для украинской и южнорусской традиции, где отчество на -енко означало «сын такого-то». Позже, при переносе фамилии в великорусскую среду или при русификации документа, к ней добавили финальный суффикс -ов, чтобы привести фамилию к привычному для северных регионов виду. Поэтому Панкратенков — это классический пример фамилии, которая «переехала» с Украины или с юга России и адаптировалась к местной языковой норме.

Сам корень Панкрат встречается в русских фамилиях в разных обличиях: Панкратов, Панкратьев, Панкрашин, Панкратенко. Форма на -енков выделяется на их фоне именно своей двойной суффиксацией, которая прямо указывает на родство через отчество второго порядка: сначала сын Панкрата становился Панкратенком, а уже его потомки закрепляли за собой фамилию Панкратенковы.

Имя Панкратий носил один из раннехристианских мучеников, почитаемых православной церковью, поэтому оно было распространено в среде духовенства и крестьянства. Однако в народной среде полная форма Панкратий часто вытеснялась более простой — Панкрат, и именно этот вариант дал жизнь большинству фамилий. Потомок человека по имени Панкрат со временем получал фамилию Панкратенков, и в этом смысле фамилия — живое напоминание о предке, которого так звали.

Географически фамилия чаще встречается в областях, куда в XVII–XIX веках шла миграция с Украины: Курская, Воронежская, Белгородская губернии, а также в Поволжье. Встречаются отдельные ветви и в Сибири, куда фамилию принесли переселенцы в ходе аграрных реформ. Точных данных о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках мало, и это нормально: большинство Панкратенковых — потомки крестьян и мещан, чьи имена сохранились лишь в метрических книгах и ревизских сказках.