Фамилия Панкратенкова образована от мужского крестильного имени Панкрат, которое в переводе с древнегреческого означает «всевластный, всемогущий». В основе лежит греческое слово «панкратес» — соединение «пан» («всё») и «кратос» («сила, власть»). В церковном календаре это имя связано со святым мучеником Панкратием Тавроменийским, жившим в I веке.

Разбор фамилии стоит начать с суффикса, который встречается не так часто, как привычные -ов или -ин. Форма Панкратенков, а не Панкратов, указывает на отчество от прозвищной или уменьшительной формы имени — Панкратеня или Панкратка. Суффикс -енк- в русских фамилиях обычно имеет значение «сын такого-то», и в сочетании с конечным -ов получается двойное указание на родство: сначала уменьшительная форма имени, затем отчество от неё. Подобная модель встречается у фамилий вроде Ерёменков или Тимошенков, но для имени Панкрат она редка.

Скорее всего, основатель рода Панкратенковых был представителем высшего сословия. Такое предположение опирается на то, что в старину полное крестильное имя Панкрат чаще давали людям из обеспеченных или служилых семей, тогда как в крестьянской среде бытовали более простые производные формы. Впрочем, это лишь версия: фамилия могла возникнуть и в среде духовенства, где греческие имена были особенно распространены, и у посадских людей.

Сам Панкрат — имя редкое. В святцах оно есть, но широкого хождения не получило, поэтому и фамилий от него немного. Кроме Панкратенковых, встречаются Панкратовы, Панкратьевы, Панкрашины — все они восходят к одному корню, но каждая ветвь по-своему переработала имя. Панкратенковы выделяются именно цепочкой суффиксов, что делает фамилию узнаваемой и отличимой от более массовых вариантов.

Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панкрат, со временем получил фамилию Панкратенков. Она не просто сохранила редкое древнегреческое имя, но и передала его через уменьшительную форму, которая в наши дни уже почти не употребляется. Это делает фамилию живым свидетельством того, как в русской ономастике переплетались церковная традиция, народное словообразование и семейная история.