Фамилия Панкрухин ведет свое начало от имени Панкруха, производной формы крестильного мужского имени Панкрат (Панкратий). Оно в переводе с древнегреческого означает «всевластный, всемогущий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панкруха, со временем получил фамилию Панкрухин.