Фамилия Панкрушин ведет начало от уменьшительной формы Панкруша, которая была образована от крестильного мужского имени Панкратий. Имя Панкратий пришло на Русь из Византии вместе с христианством, а в его основе лежит греческое слово, означающее «всемогущий, вседержитель». В церковном календаре это имя встречается нечасто, поэтому и фамилии, от него образованные, в России не относятся к числу самых распространенных. Потомок человека по имени Панкруша со временем получал фамилию Панкрушин.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Панкрушин буквально значит «сын Панкруши». Такая модель словообразования характерна для северных и восточных русских земель, где отчество на -ин было особенно употребительным. В старинных документах можно встретить и другие варианты той же основы: Панкратов, Панкрашин, Панкрухин — все они восходят к одному имени, но закрепились в разных ветвях рода.

Сам Панкруша — это народная, разговорная форма имени, возникшая в живой речи. Подобное упрощение — типичная черта русской ономастики: греческие имена, сложные для произношения, адаптировались на славянской почве, обрастая уменьшительными и ласкательными вариантами. Так Панкратий превратился в Панкрушу, а затем и в фамилию. Интересно, что в некоторых говорах слово «панкрат» или близкие к нему формы могли использоваться как прозвище крепкого, сильного человека, что тоже могло подкрепить закрепление фамилии в крестьянской среде.

Судя по географии, фамилия Панкрушин чаще всего встречается в Поволжье и на Урале. Это согласуется с историей колонизации этих земель, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральных регионов России. Фамилия сохранила память о человеке, носившем редкое церковное имя, и о том, как это имя звучало в повседневной деревенской речи.