Фамилия Панкрушкин — редкий случай, когда исходное прозвище восходит не к профессии или внешности, а к бытовому поведению, причем с оттенком иронии. В её основе лежит глагол «панкрушить» (или «панкрушиться») — диалектное слово, зафиксированное в северных и сибирских говорах. Оно означало «важничать, чваниться, ломаться, вести себя неестественно». Человека, который любил покрасоваться, держался с преувеличенной гордостью или манерничал, в народе и прозвали Панкруша. Со временем это бытовое прозвище закрепилось за его потомками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Панкрушкин буквально значит «сын Панкруши» или «из семьи Панкруши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что в говорах встречается и параллельная форма — Панкрушев, но она менее распространена. Фамилия Панкрушкин, напротив, прижилась именно в варианте с суффиксом -ин, что может говорить о её северном или вологодском происхождении: в этих регионах суффикс -ин в отпрозвищных фамилиях встречается чаще, чем -ов.

Сам корень «пан-» в данном случае не имеет отношения к латинскому «pater» или английскому «pan». Это чисто русская звуковая основа, которая в диалектах могла передавать ироничный оттенок: «пан» — барин, важная персона, а «крушить» — ломать, корчить из себя. Вместе получился образ человека, который «ломает барина», то есть ведёт себя неестественно, с претензией. В словаре В. И. Даля подобные глаголы отмечены именно в контексте осмеяния напускной важности.

Географически фамилия Панкрушкин встречается довольно редко. Основные очаги — Архангельская, Вологодская области и север Удмуртии. В центральных и южных регионах России она почти не фиксируется, что подтверждает её диалектную основу. Встречаются также единичные носители в Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами с Русского Севера.

Никакой связи с «панкратионом» (древнегреческой борьбой) или именем Панкратий здесь нет, хотя такие догадки иногда возникают. Фонетически слово «Панкрушкин» слишком далеко от канонического Панкратий, и народная этимология здесь не работает. Правдоподобнее всего — именно бытовое прозвище, которое закрепилось за одним из предков и передалось по наследству.