Фамилия Панкрушина образована от имени Панкруша — народной, «домашней» формы крестильного имени Панкратий. Это имя носил святой мученик Панкратий Тавроменийский, ученик апостола Павла, ставший впоследствии епископом. В народной среде длинное и непривычное для русского уха Панкратий быстро сократили до короткого Панкруша, и именно эта форма легла в основу фамилии.

Сама фамилия отвечает на вопрос «чей?» — Панкрушина означает «дочь или жена Панкруши», то есть потомок человека по имени Панкруша. Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность роду. Аналогично возникли, например, фамилии Петрушин или Гаврюшин — все они держатся на уменьшительных формах крестильных имен.

Скорее всего, основатель рода Панкрушиных происходил из рабочей или крестьянской среды. На это указывает сама форма имени: Панкруша — не кабинетное, а живое, обиходное имя, которое бытовало в повседневной речи простых людей. В документах XVIII–XIX веков такие имена часто записывали именно в уменьшительном виде, а уже от них закреплялись фамилии.

Особенность этой фамилии в том, что она сохранила редкий вариант имени Панкратий. В русских говорах встречались и другие производные — Панкратов, Панкрашкин, Панкратьев, — но форма Панкруша встречается реже. Это делает фамилию Панкрушина узнаваемой и отличает её от более распространённых однокоренных вариантов.