Фамилия Панкрахина — женская форма фамилии Панкрахин, а та образована от мужского имени или прозвища Панкраха. В основе лежит каноническое имя Панкратий (от греческого pankrates — «всевластный», «всемогущий»). В русской народной среде это имя часто укорачивали и переделывали: Панкрат, Панкраша, а форма Панкраха — результат дальнейшего упрощения с характерным окончанием на -а, типичным для обиходных вариантов.

Главная особенность фамилии — суффикс -ин, который указывает на принадлежность: Панкрахин буквально значит «сын Панкрахи» или «из семьи Панкрахи». Такие фамилии на -ин в русском языке обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и распространены в северных и центральных регионах России. Если бы основа заканчивалась на согласный (как в случае с Панкрат), фамилия скорее получила бы суффикс -ов (Панкратов). Выбор формы Панкрахин, а не Панкратов, косвенно говорит о том, что в роду закрепился именно ласкательный или обиходный вариант имени.

Встречаемость фамилии невысокая. По данным открытых источников, Панкрахины чаще всего фиксируются в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае — то есть на территории бывшего Русского Севера и Приуралья. Это согласуется с историей бытования имени Панкратий: в этих краях старообрядцы и крестьяне дольше сохраняли архаичные формы имён, не вытесненные поздними заимствованиями.

О социальном статусе первых носителей судить сложно, но фамилия явно недворянская — она не встречается в родословных книгах. Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми. В дореволюционных метрических книгах Панкрахины записаны как государственные крестьяне и мещане.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Панкратов встречается гораздо чаще и известен по всей России, Панкрашев — реже, а Панкрахин — одна из самых редких ветвей этого гнезда. Для человека, ищущего свои корни, это может быть подсказкой: фамилия узко локальна и почти наверняка ведёт к конкретной деревне или волости на севере Европейской России.