Фамилия Паплинская — женская форма фамилии Паплинский, и её разумнее всего рассматривать в паре с мужским вариантом. Основа здесь — «Папл-», и это редкий случай, когда корень фамилии не имеет очевидной славянской этимологии. В русских говорах слова «папля» нет, зато есть польское «papla» — болтун, пустомеля. Это наводит на мысль, что фамилия могла прийти с западнорусских земель, где польское влияние было сильным. Прозвище Папля (болтун) дали говорливому человеку, а уже от него через суффикс принадлежности -ин- образовали Паплин, а затем — с типичным для шляхетских фамилий суффиксом -ский — Паплинский.

Суффикс -ский в этой фамилии важен: он указывает не просто на происхождение от человека, а на возможное дворянское или, как минимум, землевладельческое прошлое носителя. В Речи Посполитой и на украинских и белорусских землях, отошедших к Российской империи, фамилии на -ский были маркером принадлежности к шляхте или духовенству. Однако встречались они и у крестьян, особенно после того, как в XIX веке фамилии стали давать массово. Паплинские могли быть как обедневшими шляхтичами, так и крестьянами, получившими фамилию от помещика или по названию имения.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. В Польше и на западе Беларуси есть несколько мелких сел и хуторов с названиями вроде Паплино, Паплин. В этом случае Паплинский — тот, кто родом из такого места. Но поскольку топонимов с корнем «Папл-» крайне мало, версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, распространена в основном в западных регионах России, Беларуси и среди потомков польской шляхты, переселившейся в Сибирь или на Урал в XIX–XX веках. Встречается написание через одно «н» — Паплинская, но это скорее ошибка, чем самостоятельная форма: суффикс -ин- и -ск- дают двойное «н» в основе.