Фамилия Паппушин — редкий случай, где фамильный суффикс -ин стоит при основе, которая не похожа на типичное русское имя или прозвище. Это сразу указывает на то, что перед нами не крестьянская фамилия от мирского имени вроде Папа или Папка (хотя и такая версия есть), а скорее всего — адаптация иноязычного имени или прозвища под русскую словообразовательную модель.

Самое вероятное объяснение лежит в области тюркских или финно-угорских языков. Основа «Паппу» могла быть личным именем или прозвищем у народов Поволжья (например, у мордвы-эрзи или марийцев), где удвоение согласных и окончание на -у — обычное дело. В русской среде такое имя переоформили по образцу «отца» или «дяди»: добавили суффикс -ин, означающий принадлежность («чей?» — сын Паппу). Таким образом, Паппушин — это «сын Паппу».

Вторая, менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с греческим именем Паппос (Πάππος, «дедушка»), которое могло попасть к русским через духовенство или греческих переселенцев. Однако фамилия Паппушин не встречается в списках семинарских фамилий, а её окончание -ин скорее характерно для простонародной среды, чем для искусственных духовных фамилий на -ский.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически смешивались русские и финно-угорские народы: Нижегородская область, Марий Эл, Татарстан. В этих местах —ин стал универсальным способом русификации местных имен. Носители фамилии Паппушин, скорее всего, происходят из крестьян или мещан, чей предок носил нерусское имя, которое в документах записали на русский лад.

С точки зрения словообразования, фамилия примечательна тем, что суффикс -ин присоединён не к основе на согласный (как в типичных «Иванов», «Петров»), а на гласный -у, что редко для славянских фамилий, но нормально для адаптированных иноязычных. Если бы основа была чисто русской, мы бы скорее увидели форму «Паппов» или «Папкин». Выбор именно -ин — дополнительный аргумент в пользу тюркского или финно-угорского происхождения.