Фамилия Папукова — женская форма фамилии Папуков. Она образована от мужского прозвища или имени Папук. В русской антропонимии суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Папуков буквально значит «сын Папука». Сама основа Папук — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Павел. В разговорной речи имя Павел сокращали до Папа, а затем, по распространённой модели, прибавляли суффикс -ук/-юк, характерный для украинских и южнорусских говоров (сравните: Павлюк, Иванюк). Таким образом, Папук — это «маленький Павел», «Павлуша» на местный лад.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «папук» — так в некоторых говорах называли паука. Прозвище Папук могли дать человеку за медлительность, худобу (длинные ноги, как у паука) или, наоборот, за цепкость и трудолюбие. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от насекомых в русских фамилиях встречаются реже, чем от крестильных имён, к тому же у слова «паук» в народной речи было больше вариантов (паук, павук, павк), чем «папук».

Географически фамилия Папуков и Папукова тяготеет к югу России и Украине — регионам, где активно использовались уменьшительные формы с суффиксом -ук. Встречается она и на Дону, и в бывших казачьих областях, где осели выходцы из Малороссии.

Интересная деталь: фамилия Папуков не входит в число самых частых, но её однокоренные «родственники» — Павлов, Павлюков, Павленков — намного популярнее. Это говорит о том, что основа Папук была локальной, «домашней» формой, не закрепившейся в качестве официального имени. Носительницы фамилии Папукова могут считать себя потомками человека, которого в своём кругу звали не иначе как Папук — ласково и по-свойски.