Фамилия Папулин образована от прозвища Папуля. В основе лежит нарицательное «папуля» — ласковое или шутливое именование отца. Чаще всего так называли главу большого семейства, на котором держался весь дом, или единственного кормильца, чей труд обеспечивал всех домочадцев. В таком случае прозвище закреплялось за человеком как уважительная характеристика его роли в семье.

Существует и другая версия, более личная. Прозвище Папуля мог получить ребёнок, которого воспитывал только отец, без матери. Для окружающих такой мальчик или девочка были «папулиными» детьми, а сам отец — Папулей. Эта гипотеза объясняет, почему прозвище могло закрепиться за ребёнком, а не за взрослым мужчиной.

Словообразовательная модель проста: к основе Папул- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия Папулин буквально значит «сын Папули», «ребёнок Папули». Такая модель широко распространена в русских фамилиях, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -а: Папулин, Дядин, Мамин, Тётин.

Прозвища, связанные с родственными отношениями, были очень распространены на Руси. Они помогали различать людей в деревне, где многие носили одинаковые имена. Папуля — не исключение, и фамилия Папулин органично вписывается в этот ряд. Поскольку прозвище носило бытовой, семейный характер, фамилия скорее всего возникла в крестьянской или мещанской среде, где такие именования передавались из поколения в поколение естественным путём.

Итоговая версия происхождения зависит от того, кого именно прозвали Папулей: многодетного отца или ребёнка, оставшегося на попечении одного отца. Обе версии правдоподобны, но первая — про кормильца большого семейства — выглядит более вероятной, так как прозвища взрослым людям давали чаще, чем детям. В любом случае, потомки человека с прозвищем Папуля со временем стали носить фамилию Папулин.