Фамилия Парахоня образована как уменьшительная форма мужского имени Евпраксий. С греческого это имя переводится как «счастье, благоденствие», и в просторечии оно дало множество производных форм. Именно от одной из таких обиходных форм и произошла фамилия.

Менее вероятно, что в основе лежит женское имя Евпраския с тем же значением. Фамилии, застывшие от женских имён, в русской традиции встречаются заметно реже, поэтому эта версия проигрывает первой по правдоподобию, хотя полностью исключать её нельзя.

Существует и третья, самая слабая гипотеза, которую стоит упомянуть лишь для полноты картины. Согласно ей, Парахоня — это прозвище, восходящее к чувашскому слову «парах» — «пух, пыль». Однако связь между фамилией и этим словом не подкреплена ни географией бытования, ни словообразовательной логикой, поэтому всерьёз рассматривать её не приходится.

Словообразовательная модель здесь проста и характерна для народной традиции: полное имя Евпраксий в разговорной речи сокращалось и обрастало уменьшительными суффиксами. Форма Парахоня — один из таких вариантов, который затем закрепился как фамилия. Подобные переходы от имени к прозвищу и далее к фамилии были обычным делом в среде крестьян и мещан, где официальное имя редко употреблялось в быту.

Сама фамилия звучит как типично украинская или белорусская: суффикс «-оня» придаёт ей мягкий, уменьшительно-ласкательный оттенок, характерный для этих регионов. Это косвенно указывает на то, что предки носителей фамилии могли происходить с территории современной Украины или Беларуси, где подобные формы имён были особенно распространены.

Итог прост: Парахоня — это фамилия-«отчество», только не от отца, а от его обиходного имени. Предок того, кто носит эту фамилию сегодня, скорее всего, звался Евпраксием, а в кругу семьи и соседей был попросту Парахоней.