Фамилия Парфеньев образована от мужского крестильного имени Парфений. В переводе с греческого оно означает «целомудренный, девственный», и именно это значение легло в основу фамилии: потомок человека по имени Парфений со временем стал Парфеньевым.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Парфеньев буквально значит «сын Парфения». Такая модель отчества, закреплённая за потомками, — одна из самых распространённых в русской ономастике. Интересно, что имя Парфений в народной среде часто упрощали: отсюда параллельные фамилии Парфенов, Парфёнов, а также Паршин (от краткой формы Парша). Написание через «е» после твердого «н» — вариант, который закрепился в документах, хотя произношение могло колебаться.

Само имя Парфений в православных святцах связано с несколькими раннехристианскими святыми, но широкого распространения в крестьянской среде оно не получило. Чаще его давали в монашестве или в семьях, тяготевших к книжной, церковной традиции. Поэтому фамилия Парфеньев встречается реже, чем её «народные» аналоги, и несёт лёгкий отпечаток книжности. Впрочем, со временем граница стёрлась: носители фамилии встречаются и в духовенстве, и среди крестьян, и в купечестве — имя не было строго сословным.

В написании фамилии возможна путаница: в дореволюционных метриках одну и ту же семью могли записать то как Парфеньев, то как Парфенов, в зависимости от грамотности писаря. Ударение чаще падает на второй слог, но в некоторых регионах можно услышать и Парфеньев с ударением на первом.