Фамилия Парфентие — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а полная форма крестильного имени. В большинстве русских фамилий от имени Парфентий образовывались формы с суффиксами: Парфентьев, Парфёнов, Парфенов. Здесь же мы видим иной путь: фамилию закрепили в виде самого имени, без добавочного суффикса принадлежности. Такая модель встречается реже и обычно указывает на более позднее оформление фамилии или на влияние южнославянских, украинских или белорусских традиций, где подобные бессуффиксные формы не были диковинкой.

Само имя Парфентий пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с греческого parthenios означает «целомудренный, чистый, нетронутый». Это эпитет, который в античной культуре относили к божествам и героям, сохранившим девственность, а в христианской традиции он стал символизировать духовную и телесную чистоту. Имя не было редким: его носили несколько святых, в том числе святитель Парфений, епископ Лампсакийский, живший в IV веке и почитаемый как целитель.

О происхождении конкретного рода Парфентие можно строить лишь предположения. Поскольку фамилия образована от полного церковного имени, а не от его уменьшительной формы, исследователи часто связывают такие фамилии с высшими слоями общества. В крестьянской среде чаще использовали обиходные варианты вроде Парфён или Парфеня, а полное имя в качестве фамилии могли закрепить за собой священнослужители, дьяки или дворяне. Впрочем, это лишь общая тенденция, а не железное правило: в северных русских землях, где фамилии формировались рано и самобытно, полные имена в роли фамилий встречались и среди посадских людей.

Точное место и время возникновения фамилии Парфентие назвать сложно. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий — с XV по XVII век, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Можно предположить, что фамилия в такой форме закрепилась на территориях, где сильны были западнорусские говоры, либо в среде, где писцы и переписчики предпочитали книжную, полную форму имени. Сама по себе фамилия Парфентие — памятник славянской письменности и культуры, сохранивший для нас архаичную форму имени, которую в бытовой речи давно вытеснили более короткие варианты.