Фамилия Парфентий — редкий случай, когда в её основе лежит не прозвище и не профессия, а полная форма крестильного имени, а не его уменьшительный вариант. Мужское имя Парфентий пришло на Русь из греческого языка и переводится как «целомудренный, чистый, нетронутый». В церковном календаре это имя связано с памятью святых Парфения Лампсакийского и Парфения Константинопольского, что обеспечивало ему популярность среди духовенства и простых людей.

Обычно от таких имён образовывались фамилии с суффиксом -ов или -ев: Парфентьев, Парфенов, Парфёнов. Но фамилия Парфентий застыла в своей исходной форме, без какого-либо суффикса. Это говорит о том, что её закрепили за человеком напрямую, вероятно, в среде, где было принято называть людей полным именем без сокращений — например, в церковной или старообрядческой среде. Такая модель образования встречается реже и указывает на раннее, документальное фиксирование прозвища, когда имя отца или деда переносили на потомков без изменений.

Стоит различать эту фамилию с однокоренными Парфентьев и Парфенов. Если Парфентьев — это классическое «сын Парфентия», то Парфентий могло закрепиться за самим носителем имени, а затем перейти к его детям. В говорах имя часто искажали: Парфён, Парфен, Парфёша, отсюда и многообразие фамилий. Форма без суффикса могла возникнуть и под влиянием украинской или белорусской традиции, где такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

В документах XVII–XVIII веков фамилия Парфентий встречается спорадически, в основном в северных и центральных русских землях, где церковные записи вели особенно тщательно. Носители этой фамилии, как правило, были либо священнослужителями, либо крестьянами, получившими фамилию от приходского батюшки, который записал их по полному имени. Сословной принадлежности фамилия не отражает — она лишь сохранила архаичную форму имени, которая сегодня звучит необычно и выделяет её обладателей среди более распространённых Парфеновых и Парфентьевых.