Фамилия Пастуханов образована от прозвища Пастухан. Оно ведет свое начало от нарицательного «пастух», то есть «работник, пасущий скот». Так и прозвище Пастухан закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Пастуханов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пастухан, со временем получил фамилию Пастуханов.