Фамилия Пастуханов произошла от прозвища Пастухан, которое в старину давали человеку, пасущему скот. Нарицательное «пастух» — «работник, пасущий скот» — легло в основу этого прозвища, а оно, в свою очередь, стало фундаментом фамилии. Сын или внук человека по прозвищу Пастухан со временем получал фамилию Пастуханов, и так закреплялась память о занятии предка.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе «пастух» добавили суффикс -ан-, который в русских говорах часто использовался для образования прозвищ лиц (сравните: болтун, молчун, драчун). Получившееся имя Пастухан звучало неформально, по-домашнему, и закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование в деревне. Затем стандартный патронимический суффикс -ов присоединился к прозвищу, и вышла фамилия Пастуханов — то есть «сын Пастухана».

Интересно, что подобные «профессиональные» прозвища были широко распространены у славян, и фамилия Пастуханов — один из таких самобытных памятников славянской культуры. Однако стоит помнить: процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Пастуханов можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.

В отличие от более распространенной фамилии Пастухов, форма Пастуханов встречается реже и чаще привязана к северным и центральным русским говорам, где суффикс -ан- в прозвищах был особенно употребителен. Если ваши предки носили эту фамилию, вероятно, они происходили из крестьянской среды, где пастушество было обычным промыслом. Впрочем, не исключено, что прозвище Пастухан могло закрепиться и как ироничное — например, за человеком, который любил покомандовать или «пасти» других, хотя к скоту отношения не имел.