Фамилия Патакин происходит от прозвища Патака, которое связывают с глаголом «потакать», то есть «потворствовать, разрешать что-либо, закрывать глаза на что-то». Такое прозвище, скорее всего, давали человеку мягкому, сговорчивому и покладистому. Чередование гласных о/а в корне объясняется влиянием «аканья» — произносительной нормы, при которой безударный «о» звучит как «а». Поэтому первоначальная форма, вероятно, звучала как Потака, а позже закрепилась в написании через «а».

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: фамилия отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Патаки». Такой способ образования типичен для русских фамилий, произошедших от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на гласный.

Существует и вторая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, прозвище восходит к венгерскому слову patak — «поток». В этом случае Патакой могли называть энергичного, деятельного и предприимчивого человека. Однако гипотеза выглядит сомнительной: фамилия не встречается в регионах с заметным венгерским влиянием, а для русской ономастики гораздо естественнее опора на собственный глагол «потакать», который дал и ряд однокоренных фамилий, например Потакин или Потаков.

Так или иначе, потомки человека по прозвищу Патака со временем закрепили за собой фамилию Патакин. Она не относится к числу распространённых и сохраняет связь с характером предка — уступчивым и не склонным к строгим запретам.