Фамилия Паунин — редкий пример, где основа не очевидна на первый взгляд. В ней слышится что-то птичье или, наоборот, связанное с пауком, но ни одна из этих версий не выдерживает критики.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). В русской традиции такие фамилии чаще всего образовывали от имени или прозвища отца. Значит, в основе лежит прозвище Пауня. Что оно могло означать?

Здесь есть два основных пути. Первый — диалектный. В некоторых говорах «пауня» или «павунья» — местное название индюшки (от звукоподражания «пау»). Человека могли прозвать Пауней за манеру надуваться, важничать или издавать характерные звуки. Второй путь — от крестильного имени. Пауня могло быть уменьшительной формой от Павел (Павлуня → Пауня) через упрощение «вл» в «у». Такое стяжение встречается в народной речи: Павел → Паул → Пауля. Оба варианта правдоподобны, но диалектный даёт более яркую и запоминающуюся картину прозвища.

Встречается фамилия крайне неравномерно. По открытым данным переписей, Паунины — это преимущественно жители центральной России, особенно Тверской и соседних областей. Это говорит о том, что фамилия не вышла за пределы определённого ареала и не получила широкого распространения через дворянские или купеческие роды. Скорее всего, это фамилия крестьянская, закреплённая в одном-двух уездах.

Если отбросить народную этимологию (связь с пауком или паутиной), то остаётся ясная картина: фамилия от прозвища или имени, бытовавшего в узком кругу говоров. Её редкость — не признак утраты, а свидетельство локальной истории одной семьи или нескольких родственных кланов.