Фамилия Пегий — редкий пример чистой, несуффиксальной формы прилагательного в роли фамилии. В русской ономастике такие фамилии встречаются нечасто (сравните: Толстой, Босой, Кривой), и их происхождение почти всегда прозрачно: прозвище, данное по внешнему признаку, перешло в фамилию без изменений. В данном случае основа — прилагательное «пегий», то есть пёстрый, пятнистый, с белыми и тёмными пятнами. Чаще всего так называли лошадей неоднородной масти, но прозвище могли дать и человеку — например, за седину в бороде, за веснушки, за шрамы или родимые пятна, выделявшие его среди односельчан.

Фамилия не имеет типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её возможное происхождение из южных или западных регионов, где подобные бессуффиксные фамилии распространены шире (например, на Украине или в Белоруссии). В то же время, в русских говорах слово «пегий» было общеупотребительным, поэтому носители фамилии могут встречаться в разных областях. С точки зрения словообразования, это усечённая форма от прозвища, которая закрепилась в документах именно в такой записи — возможно, из-за того, что её носитель был настолько известен своей «пегостью», что дополнительных уточнений не требовалось.

Важно отличать фамилию Пегий от похожих Пегов и Пегин. Пегов — более распространённый вариант, где суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Пегого». Пегин — вариант с суффиксом -ин, возможный от основы «пега» (пятно, отметина). Фамилия же Пегий сохраняет форму именительного падежа, что делает её архаичной и напоминающей о старом способе фиксации прозвищ в переписных книгах, когда писцам было проще записать человека так, как его звали в быту, не переделывая в притяжательную форму.

В сословном плане фамилия Пегий, скорее всего, принадлежала крестьянам или казакам. Прозвища по масти лошади или внешности редко давали дворянам, у которых фамилии чаще образовывались от имён или географических названий. Однако окончательно утверждать это сложно: в некоторых случаях фамилия могла закрепиться за священнослужителем, получившим её в семинарии по внешнему виду, но это менее вероятно — семинарские фамилии обычно более книжные (Багров, Розов). Таким образом, Пегий — это прямая и честная фамилия-прозвище, которая сохранила для нас старинное слово и образ человека или коня с пёстрой мастью.