Фамилия Пелепягин — редкий пример того, как народная переработка церковного имени породила устойчивую фамилию, не потерявшую связи с оригиналом. В основе лежит имя Пелепяга — просторечная форма канонического имени Филипп. Такое преобразование не редкость: в живой речи имена часто «перекраивались» до неузнаваемости, и Пелепяга — один из таких случаев, когда греческое Филипп через цепочку промежуточных форм превратилось в нечто совсем непохожее на исходник.

Само имя Филипп пришло из греческого языка, где philippos буквально означает «любитель лошадей» (phileo — люблю, hippos — лошадь). Имя было широко распространено на Руси после крещения, поэтому неудивительно, что его производные дали жизнь множеству фамилий. Покровителями имени считаются несколько святых: мученик Филипп Апамейский, святой мученик Филипп-никодимец и преподобный Филипп Иранский, живший в XV–XVI веках. Последний известен как основатель иранской пустыни; он отличался кротостью и трудолюбием, был пострижен в иночество и удостоен священства.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательное значение: Пелепягин означает «сын Пелепяги», «ребёнок того, кого звали Пелепяга». Такая модель образования типична для русских фамилий, но в данном случае обращает на себя внимание именно исходная форма: Пелепяга звучит как прозвище, хотя по происхождению это уменьшительно-ласкательный вариант имени. Возможно, на форму повлияло диалектное произношение или детская речь, закрепившаяся в семье.

Точное место и время возникновения фамилии Пелепягин назвать сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на столетия, и письменные источники часто фиксируют уже готовые формы. Тем не менее, фамилия сохранила память о живом народном словоупотреблении и представляет собой любопытный памятник славянской письменности и культуры. Встречаются и родственные варианты — Пелепягины могли писаться с одной «п» или через «е» после «л», что отражает колебания в произношении.