Фамилия Пелипенков — это классический пример того, как южнорусская или украинская основа обрастает великорусским суффиксом. В её основе лежит прозвище или имя Пелипенко, которое, в свою очередь, образовано от слова «пелип» — народной формы канонического имени Филипп. В украинском и южнорусском говорах начальное «ф» часто заменялось на «п» или «хв»: отсюда Пилип, Хвилип, а затем и Пелип. Таким образом, Пелипенко — это «маленький Филипп» или «сын Филиппа», где суффикс -енко указывает на родство или принадлежность.

Однако сама фамилия Пелипенков построена по иной модели. Суффикс -ов здесь типичен для северных и центральных регионов России. Это значит, что носитель фамилии — потомок человека, которого в документах записали как Пелипенко, но при переезде или при смене сословной принадлежности (например, при записи в реестр однодворцев или государственных крестьян) его фамилию «обрусили», заменив украинский суффикс на русский. Такая двойная модель — украинская основа плюс русский суффикс — встречается нечасто и говорит о миграции предков с территории современной Украины или юга России (Курская, Белгородская, Воронежская области) в более северные губернии.

Если разбирать глубже, то сам корень «пелип» мог закрепиться не только как производное от имени. В некоторых говорах «пелип» или «пелеп» означало нечто неуклюжее, тяжеловесное, либо, наоборот, человека с пышными усами (от ассоциации с растением «пелип» — полынь, но это спорная версия). Однако наиболее правдоподобной остаётся версия имени Филипп: фамилия относится к числу «патронимических», то есть образованных от имени отца. В быту Филиппов на Украине называли Пелипенками, а их детей, переехавших в Россию, уже фиксировали как Пелипенковых.

Географически фамилия привязана к югу России. По данным переписей XIX века, Пелипенковы чаще всего встречались в Курской и Воронежской губерниях, а также среди казачества. В среде донских казаков фамилия могла сохранить исходную форму Пелипенко, но в метрических книгах церквей нередко писали именно Пелипенков — под влиянием канцелярского языка. Таким образом, носитель этой фамилии может с высокой вероятностью считать своими предками либо крестьян-однодворцев южных окраин, либо казаков, чья родословная уходит в XVII–XVIII века.