Основой фамилии Пенина послужило церковное имя Пеня. По одной из них, эта фамилия образована от имени Пеня – краткой просторечной формы мужских имен Пеон (от греческого paionios – «врач, целитель»), либо от Феопент (от греческого theos – «бог» и pempo – «посылать»). Согласно другой гипотезе, эта фамилия восходит к прозвищу Пеня из нарицательного «пенька» - «грубое лубяное волокно, полученное из стеблей конопли». В этом случае Пеней могли называть того, кто изготовляет пеньку, либо жесткого, неуступчивого человека. Нельзя исключить, что это прозвище дали любителю молочных пенок. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пеня, со временем получил фамилию Пенина.