Фамилия Пенин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пенин послужило имя Пеня. Существует две версии происхождения фамилии Пенин. По одной из них, эта фамилия образована от имени Пеня – краткой просторечной формы мужских имен Пеон (от греческого paionios – «врач, целитель»), либо от Феопент (от греческого theos – «бог» и pempo – «посылать»). Согласно другой гипотезе, эта фамилия Пенин образована от прозвища Пеня из нарицательного «пенька» - «грубое лубяное волокно, полученное из стеблей конопли». В этом случае Пеней могли называть того, кто изготовляет пеньку, либо жесткого, неуступчивого человека. Нельзя исключить, что это прозвище дали любителю молочных пенок. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пеня, со временем получил фамилию Пенин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пенин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пенин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.