Согласно одной из них, она образована от имени Пенько – уменьшительной формы имени Пётр (в переводе с древнегреческого – «камень, скала»). Подобные именования нередко встречаются на Руси. Фамилии, образованные от имени Пётр и его производных, входят в десятку самых распространённых в России (на некоторых территориях до 6-7 человек на тысячу). Согласно другой версии, фамилия Пеньковиков ведёт начало от прозвища Пенёк. Пенёк – уменьшительная форма слова «пень». Таким образом, прозвище Пенёк мог получить человек невысокого роста или с заурядными интеллектуальными способностями. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пенько, со временем получил фамилию Пеньковиков.