Фамилия Пеньковиков — редкий случай, когда в одном слове соединились две разные традиции имянаречения. Сразу скажем: единого мнения о её происхождении нет, но одна из версий выглядит заметно убедительнее другой.

Начнём с главного. Перед нами не простая фамилия на -ов, а двойная, с цепочкой суффиксов: -к- и -овик-. Такая модель встречается нечасто и указывает на то, что в основе лежало не церковное имя, а мирское прозвище или обиходная форма имени, которая успела обрасти дополнительным суффиксом до того, как закрепилась в качестве фамилии. Сравните с фамилиями вроде Сеньковиков или Васьковиков — там та же схема: уменьшительное имя плюс суффикс -овик, обозначающий «сын такого-то» или «человек из рода такого-то».

Первая версия связывает фамилию с именем Пётр. Пенько — это действительно одна из народных уменьшительных форм этого имени, наряду с Петрушей, Петькой или Петруней. В переводе с древнегреческого Пётр значит «камень, скала», и фамилии, образованные от этого имени и его производных, входят в десятку самых распространённых в России — на некоторых территориях носителей таких фамилий до 6–7 человек на тысячу. Если следовать этой логике, Пеньковиков — потомок человека, которого в быту звали Пенько, то есть Петром. Версия правдоподобная, и она хорошо объясняет первый суффикс -к-.

Однако есть и вторая версия, более колоритная и, пожалуй, более точная для такой нестандартной формы. Пенько или Пенёк могло быть не уменьшительным от Петра, а самостоятельным прозвищем от слова «пень». В старину прозвища давали не из злобы, а по характерной примете. Пеньком могли окрестить человека невысокого роста, коренастого, приземистого — того, кто сидел на пне или рядом с ним, или же того, кто славился упрямством. Прозвища, образованные от названий предметов и явлений, были на Руси обычным делом, и они часто вытесняли крестильные имена в быту. Если принять эту версию, то цепочка получается такой: Пенёк → Пенько (падежная форма) → Пеньковик (сын Пенька) → Пеньковиков.

Какая версия ближе к истине? Судя по двойному суффиксу, скорее вторая. Если бы фамилия произошла напрямую от имени Пётр, она скорее закрепилась бы в форме Пеньков или Петьков. А вот форма с -овик- как раз характерна для прозвищ, которые уже успели стать семейными: сначала Пеньковик — «сын Пенька», а потом уже Пеньковиков — «из рода Пеньковиков». Так что, хотя полностью исключать связь с именем Пётр нельзя, прозвищное происхождение выглядит логичнее.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и такие редкие формы могли закрепиться в одном конкретном регионе, а не распространиться по всей стране. Сама по себе фамилия Пеньковиков — памятник живой народной речи, где рядом уживались и церковные имена, и меткие бытовые прозвища.