Фамилия Пепчук образована по распространённой на западноукраинских землях модели с суффиксом -чук, который изначально указывал на сына или ученика: Пепчук — «сын Пепа». Само прозвище Пеп, лёгшее в основу, скорее всего, восходит к украинскому «пiп» — «поп», то есть священник. В таком случае основатель рода мог быть служителем церкви, а его дети или потомки получили именование по отцовскому занятию.

Но у этой фамилии есть и вторая, менее очевидная версия. В словаре Владимира Даля зафиксировано диалектное слово «пепа», которое в псковских говорах означало «лентяй, неумный человек». Если прозвище Пеп возникло в этой среде, оно указывало бы не на профессию, а на черты характера — возможно, неодобрительно подмеченные соседями. Правда, для фамилии с украинским суффиксом -чук такая севернорусская основа менее типична: географически фамилия тяготеет к западным регионам, где слово «пiп» было в обиходе. Поэтому версия о связи с духовенством выглядит предпочтительнее.

Прозвище Пеп, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах. Так потомки человека, которого звали Пепом, закрепили за собой фамилию Пепчук — без дополнительных указаний на род занятий или место жительства, только по имени отца. Подобные патронимические фамилии на -чук массово формировались в XV–XVII веках на территории нынешней Западной Украины и Польши, что косвенно подтверждает западное происхождение рода.

Встречается также вариант написания с буквой «и» — Пипчук, но он редок и обычно связан с особенностями местных говоров, где безударный звук передавали по-разному. В целом фамилия осталась локальной: она не получила широкого распространения за пределами украинских областей, и потому среди известных исторических личностей носителей Пепчук не зафиксировано — в основном это крестьянские и казацкие роды, оставившие след лишь в метрических книгах и ревизских сказках.