Фамилия Перекопин образована от прозвища Перекоп. Прозвище Перекоп произошло от глагола «перекапывать». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Перекопиных был крестьянином-земледельцем, либо рыл колодцы, рвы. Поэтому, возможно, что Перекопом прозвали кропотливого, дотошного или медлительного человека. Кроме того, есть вероятность, что прозвище Перекоп указывало на место жительства предка: так, не исключено, что такое прозвище получил человек, чей дом стоял недалеко от перекопа, то есть рва. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Перекоп, со временем получил фамилию Перекопин.