Фамилия Перекупкина — это женская форма фамилии Перекупкин, а та происходит от прозвища Перекупка. Прозвище было широко распространено в русских говорах и означало не просто «перекупщик», а человека, который скупает товары с целью перепродажи, часто с небольшим наваром. В отличие от купца, который вёл крупную торговлю, перекупка — это мелкий торговец-спекулянт, снующий на базаре или ярмарке. В словаре Даля «перекупка» — это и «перекупщик, барышник, кулак, прасол», причём слово имело чаще порицательный оттенок: так называли того, кто «перебивает» цену или товар.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Перекупкин, то есть сын Перекупки. Такие фамилии образовывались от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или -я (Перекупка → Перекупкин). Интересно, что в некоторых говорах существовал и вариант Перекупщиков — от той же основы, но с более «профессиональным» суффиксом -щик. Однако форма Перекупкин встречается реже, что делает её более локальной.

Географически фамилия Перекупкина (и мужская Перекупкин) тяготеет к Поволжью и южнорусским областям, где была развита ярмарочная торговля. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище вместе с укладом жизни. Сословно предки могли быть не только мещанами или купцами — перекупками нередко становились и крестьяне, которым удавалось скопить немного денег на базарный оборот. В ревизских сказках XIX века такие прозвища фиксировались за государственными крестьянами, реже — за однодворцами.

Спорных версий у фамилии немного. Единственная альтернатива — образование от неканонического имени Перекуп, которое могло быть дано младенцу как оберег от жадности или, наоборот, в насмешку. Но эта гипотеза слабая: на Руси имена-прозвища от глаголов (типа Перекуп, Перебей) встречались, но для фамилии Перекупкин гораздо логичнее исходное слово «перекупка» — название занятия, а не личное имя. Ономастика подтверждает: фамилии на -ин от названий профессий и прозвищ (Скорняков, Сапожников) куда массовей, чем от личных имён с тем же суффиксом.