Фамилия Перепеча — редкий случай, когда мы имеем дело с прозвищем, которое почти не изменилось при переходе в фамилию. В ней нет типичных родовых суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно означают «сын такого-то» или «принадлежащий». Форма на -а, скорее всего, застывшее прозвище в именительном падеже, которое так и закрепилось за родом. Такое оформление встречается в украинской и белорусской традиции, поэтому географически фамилия тяготеет к западнорусским землям и Малороссии.

Основа фамилии прозрачна: «перепеч» или «перепеча». В говорах так называли нечто перепечённое, горелое, чересчур зажаренное. Но есть и более конкретное значение. В некоторых диалектах «перепеча» — это вид хлеба, сдобная булка или пирог, который пекли повторно. Так могли прозвать пекаря, который славился этим изделием, или, напротив, человека, который вечно всё сжигал в печи. Второй вариант — прозвище могло быть ироничным: так дразнили того, кто вечно торопился и делал всё «с пылу с жару», не дожидаясь нужного момента.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Суффикс -ч- в основе «перепеча» указывает на предмет, полученный в результате действия (сравните: «каланча» от «калить», «свеча» от «светить»). То есть «перепеча» — это буквально «то, что перепекли». Такие прозвища по ремеслу или кулинарной особенности были распространены в среде крестьян и ремесленников. Дворянских корней у фамилии нет: это типичная фамилия человека из податного сословия, скорее всего, однодворца или мещанина.

Встречается также вариант написания через «ё» — Перепёча, что лишь фиксирует произношение. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записать и как «Перепечь», если священник русифицировал окончание. Но основная форма осталась неизменной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили фамилию Перепеча, ищите их в южных и западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси.