Фамилия Перепехина — женская форма фамилии Перепехин, а та в свою очередь образована от прозвища или неканонического имени Перепех. В основе лежит корень «перепех-», который восходит к глаголу «перепекать» или существительному «перепёк». Это сразу отсылает нас к хлебному делу: на Руси перепёком называли хлеб, который пекли повторно, или же недопечённый, пересушенный каравай. Человек, получивший прозвище Перепех, мог быть пекарем, чья работа не всегда удавалась, или, наоборот, мастером, который славился особым способом выпечки.

Вторая, менее очевидная версия, связывает фамилию с диалектными значениями. В некоторых говорах «перепеха» — это суетливый, хлопотливый человек, который постоянно «перепекается» (то есть суетится, переживает). Такое прозвище могли дать непоседе или тому, кто брался за множество дел сразу. Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ин (в женском роде -ина) указывает на принадлежность — «чей?» — перепехин, то есть сын или дочь Перепеха.

По сословной принадлежности фамилия не была закреплена за дворянством — она типично крестьянская или мещанская, особенно распространённая в центральных и северных губерниях России. Встречается она и в формах Перепехин, а также в однокоренных Перепёлкин, Перепелов, но Перепехин стоит отдельно: его основа не связана с птицами, а с хлебом и бытом. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии чаще всего фиксировались как государственные крестьяне в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — там, где пекарское ремесло было особенно развито.