Фамилия Пересецкая — классический пример «географической» фамилии, образованной от названия населённого пункта. Её основа — топоним Пересека (или Пересец), который встречается в нескольких славянских землях. Суффикс -ск- указывает на связь с местом: в старину так называли человека, который родом из Пересеки или Пересеца. Женская форма Пересецкая, соответственно, принадлежала дочери или жене того, кто носил фамилию Пересецкий.

Само название Пересека восходит к глаголу «пересекать» или существительному «пересек» — вырубленное место в лесу, просека, граница. В древнерусской топонимике так часто именовали поселения, возникшие на месте вырубки или на рубеже земель. Самый известный исторический топоним — село Пересека (ныне в Молдове, близ Оргеева), упоминаемое в летописях как столица Берладников в XII веке. Именно оттуда, по одной из версий, могла пойти фамилия Пересецкий у выходцев из этих земель.

Мужская форма Пересецкий — типичная польская и западнорусская модель фамилии на -ский, популярная у шляхты и духовенства. В Российской империи такие фамилии часто закреплялись за семьями, переселившимися в центральные губернии из западных регионов — с Украины, из Белоруссии или Польши. Поэтому Пересецкие могли быть как потомками мелкой шляхты, так и выходцами из крестьян, получившими фамилию по месту выхода.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с прозвищем Пересека — так могли назвать человека, жившего на перекрёстке дорог или у пересечения границ. Но, учитывая распространённость топонимов с корнем «пересек/пересец», географическое объяснение выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии Пересецкая сегодня невысока: она сосредоточена в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западное происхождение. Среди носителей известны учёные и врачи, но фамилия не стала массовой — она сохранила связь с конкретным локусом, а не с ремеслом или личным именем.