Фамилия Пересечная — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. В её основе лежит не имя и не ремесло, а топоним: село, деревня или урочище с названием Пересечное, Пересечная или Пересечный. Такие названия встречаются на западе и юге России, а также на востоке Украины — например, посёлок Пересечная в Харьковской области известен с XVII века. Выходец из такого места получал прозвище Пересечный, а его потомки закрепляли фамилию в форме прилагательного: Пересечная.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -н- образует прилагательное от основы «пересек-» (пересечённая местность, то есть изрезанная оврагами, холмами или лесными полосами). В русских говорах «пересек» — это лесная просека, граница между участками или вообще полоса земли, отделяющая одно от другого. Таким образом, Пересечная — это буквально «относящаяся к пересеку, к пересечённой местности». Фамилия могла закрепиться за человеком, жившим на такой полосе, или за тем, кто владел землёй у пересека.

Интересно, что фамилия сохранила форму женского рода — Пересечная, а не Пересечнов или Пересечный. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии на -ая/-яя нередко оставались неизменяемыми для женщин, а для мужчин звучали как Пересечный. В современном русском языке фамилия склоняется по правилам прилагательных, но носители могли фиксировать её в документах по-разному. Встречаются варианты написания с одной «с» — Пересечная, что связано с народной этимологией: люди могли связывать фамилию с глаголом «пересечь», хотя на самом деле корень тот же — «сек» с чередованием.

О сословной принадлежности носителей сказать трудно: топонимические фамилии встречались и у крестьян, и у мещан, и у казаков. Если предки Пересечных жили вблизи Харькова, то, скорее всего, это были казаки или государственные крестьяне Слободской Украины. Если фамилия возникла в центральной России — возможны любые варианты, вплоть до однодворцев. Точных данных нет, но сам факт, что фамилия не получила широкого распространения, говорит о её локальном происхождении: она закрепилась за одним-двумя родами из конкретного села.