Фамилия Пересекин — одна из тех, что хранит в себе не имя и не профессию, а действие или состояние. В её основе лежит древнерусское прозвище Пересека. Глагол «пересекать» имел несколько значений: рубить пополам, преграждать путь, перечить в споре. Скорее всего, прозвище дали человеку с крутым нравом — тому, кто любил перечить, спорить до хрипоты, «пересекать» чужую речь. Менее вероятно, но возможно, что так называли того, кто жил на пересечении дорог или владел межевой полосой земли, «пересекавшей» наделы соседей.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пересекин — буквально «сын Пересеки» или «человек из рода Пересеки». Обратите внимание: суффикс -ин, а не -ов, что часто встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если бы основа звучала как Пересек (мужской род с нулевым окончанием), мы бы получили Пересеков. Форма Пересекин говорит о том, что прозвище было мягким, «женским» по грамматическому роду — Пересека, как Кузьма или Фома, хотя носило его лицо мужского пола.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в старых переписных книгах Рязанской и Тамбовской губерний. Это не дворянская фамилия — в родословных книгах она не значится. Её носителями, скорее всего, были крестьяне или однодворцы. Интересно, что в некоторых говорах слово «пересека» означало ещё и перекладину в избе, брус под потолком. Если прозвище возникло в плотницкой среде, то предок Пересекиных мог быть не сварливым человеком, а умелым строителем, делавшим «пересеки» — потолочные балки.

В написании фамилия устойчива. Вариант Пересекин с двумя «с» — единственно верный. В дореволюционных документах иногда встречается Пересекина (женская форма) или искажённое Пересеков, но это ошибки писцов, смешавших суффиксы. Однокоренные фамилии — Пересека, Пересеков, Пересеченко — встречаются ещё реже и чаще украинского происхождения.