Фамилия Пересторонин — редкий случай, когда одно прозвище могло описывать и характер, и внешность, и даже хозяйственное занятие предка. В её основе лежит слово «пересторона», а фамилия отвечает на вопрос «чей ты будешь?»: сын, внук или потомок человека по прозвищу Пересторона. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ.

Смысловое наполнение прозвища зависело от того, в какой местности оно возникло. В вологодских говорах «перестороной» называли спорщика, того, кто любит настоять на своём. Глагол «пересторонить» здесь означал «переупрямить, осилить» — то есть такой человек умел перетянуть спор в свою пользу, переломить чужое упрямство.

Совсем иное значение слово имело в костромских говорах. Там «пересторона» — это овёс или жито, столчённое в один приём в ступе. Если прозвище возникло в этой среде, оно могло закрепиться за мельником, толчеёй или просто запасливым хозяином, который держал зерно в порядке. Ещё одна версия, встречающаяся в некоторых говорах, связывает прозвище с полной, дородной женщиной, но для фамилии это значение менее вероятно: прозвища такого рода чаще закреплялись за мужчинами.

Появление фамилии не привязано к какой-то одной губернии. Пересторонины встречаются и в северных, и в центральных русских землях, что косвенно подтверждает: прозвище бытовало в разных регионах независимо, а фамилия закрепилась за разными родами. Сама форма — с ударением на третьем слоге и характерным сочетанием «оро» — выдаёт северное или северо-восточное происхождение, где полногласие сохранялось особенно устойчиво.

Сейчас фамилия остаётся довольно редкой, и это делает её удобной для генеалогического поиска: носителей немного, и проследить родственные ветви проще, чем в случае с массовыми фамилиями. Впрочем, документальных подтверждений о конкретных предках Пересторониных сохранилось немного, поэтому точную версию происхождения для конкретной семьи можно установить только через архивные записи и знание местности, откуда родом предки.