Фамилия Перхуткина — женская форма, а её мужской вариант Перхуткин — довольно редкий пример фамилии, образованной от прозвища, которое почти наверняка связано с глаголом «перхать». В русских говорах это слово означало «кашлять», «откашливаться», иногда «чихать» или «фыркать». Соответственно, Перхуткой в диалектной среде могли называть человека с хроническим кашлем, простуженного или того, кто постоянно «перхал» — например, курильщика или астматика. Прозвище было не обидным, а скорее бытовым, констатирующим заметную особенность.

Разбираем словообразовательную цепочку: основа «перх-» (от «перхать»), формант «-утк-» (уменьшительно-пренебрежительный или просто суффикс прозвища, как в «мамутка», «кашутка»), затем фамильный суффикс «-ин». Модель типична для русских фамилий: прозвище на -утка → Перхутка → Перхуткин. Суффикс «-утк-» встречается реже, чем «-к-» или «-ушк-», и придаёт фамилии оттенок диалектной или простонародной окраски. В центральных и северных губерниях такие формы были обычны.

Есть и менее вероятная версия, которую стоит упомянуть, но без натяжек: связь с тюркским корнем, например, с казахским «періште» (ангел) или татарским «бәрхут» (бархат). Но фонетически «Перхуткин» к ним не подходит: в русском языке заимствования из тюркских обычно не дают суффикса «-утк-» в прозвищах. К тому же в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -уткин последовательно выводятся из русских глагольных основ. Поэтому версия с кашлем — основная и наиболее правдоподобная.

Географически фамилия Перхуткин встречается в основном в центральных регионах России — в Тверской, Ярославской, Костромской областях, где «перхать» было распространённым диалектным словом. Встречаются единичные носители на Урале и в Сибири — следствие переселений XIX века. Социально фамилия относится к крестьянским: прозвища, данные по физическим особенностям, редко встречались у дворян или купцов, которые чаще брали фамилии от имён или профессий.

В написании возможна путаница с фамилией Перхутов (от «перхун» — кашляющий) или Перхуров (от «перхур» — диалектное название кашля). Но Перхуткина стоит особняком благодаря редкому суффиксу: если Перхутовых в России несколько тысяч, то Перхуткиных — буквально несколько сотен человек. Так что носительница этой фамилии может быть уверена: её предок был не просто «кашляющим», а получил прозвище в характерной местной форме, которая сохранилась в неизменном виде уже третье столетие.