Фамилия Перкун — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось за века. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта уходит корнями в языческий балтский пантеон. Перкунас (или Перкунс) — это литовский и латышский бог-громовержец, аналог славянского Перуна и скандинавского Тора. Фамилия Перкун — это, по сути, «сын (или слуга) Громовержца», причём форма без суффикса -ов/-ин указывает на то, что закрепилась она в среде, где прозвище было самодостаточным, а не превращалось в притяжательное прилагательное.

Такая модель — прямое именование по отцу без патронимического суффикса — типична для западнорусских земель, особенно для территорий, граничивших с Великим княжеством Литовским. Скорее всего, предок носителя фамилии жил на Смоленщине, в Брянской области или в Беларуси, где балтское влияние на язык и обычаи было сильным. Встречается Перкун и у литовцев, но там фамилия обычно звучала бы как Перкунас или Перкунис. На русской почве окончание отпало, и слово застыло в мужском роде.

Стоит упомянуть и другую, более прозаичную версию. В некоторых говорах «перкун» могли называть человека задиристого, драчливого, с крутым нравом — мол, гремит, как гром. Но эта гипотеза вторична: прозвище от бога куда древнее, чем бытовое сравнение. К тому же все однокоренные фамилии (Перунов, Перкунов, Перкунас) ведут к одному источнику — к имени верховного божества.

Сословная принадлежность у Перкунов, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не дворянская и не купеческая — слишком редкая и не попала в родословные книги. Встретить её можно и сегодня, но носителей немного: по открытым базам данных, Перкуны живут в основном на северо-западе России и в Беларуси, что подтверждает географию её происхождения.