Фамилия Пиркун — редкий случай, когда прозвище не обросло типовым русским суффиксом принадлежности, а застыло в исходной форме. В русской традиции фамилии на -ун обычно указывают на человека, склонного к какому-то действию или обладающего яркой чертой: говорун, ворчун, бегун. Пиркун — из того же ряда, но с неочевидным корнем.

Самая прямая версия отсылает к глаголу «пиркать» или «пирнуть». В северных и сибирских говорах это значит «ударить, ткнуть, боднуть». Пиркуном могли прозвать задиристого человека, любителя «пободаться», или, наоборот, того, кто работал с острым инструментом — например, бондаря, плотника или мясника. Звукоподражательная природа слова («пирк» — резкий звук удара) делает эту версию естественной.

Вторая гипотеза — западнославянские или балтийские корни. В польском и белорусском языках есть слово «pirka» — мелкая рыбёшка, плотва. Тогда Пиркун — это прозвище рыбака, ловца мелкой рыбы, либо человека невысокого роста, «мелкоты». В украинском языке «пірка» означает «перо», и фамилия могла указывать на птицевода или на человека, торговавшего пером и пухом.

Фамилия встречается в основном на западе России, в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси и на Украине. Это не случайно: именно здесь пересекаются русские, белорусские и польские диалекты, где слово «пирк» или «пірк» имело хождение. В центральных и восточных регионах России фамилия почти не встречается, что подтверждает её региональное происхождение.

Модель образования проста: основа «пирк-» плюс суффикс деятеля «-ун». Такие фамилии часто давали не по отцу, а по личному прозвищу самого носителя. Пиркун — не «сын Пиркуна», а сам человек, которого так прозвали. Это делает фамилию более древней по типу: она могла закрепиться ещё в допетровскую эпоху, когда фамилии только начинали передаваться по наследству. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — в дворянских родах такие «прозвищные» фамилии встречаются редко.