Фамилия Перлинер — редкая в русском контексте и почти наверняка не славянского происхождения. Если сразу отбросить случайное совпадение с немецким словом Perle (жемчуг), то основа — перл — указывает на ту же жемчужную тему, но заимствованную в русский язык ещё в XVIII веке из французского perle. Однако суффикс -ер и окончание -нер выдают в фамилии типичную модель для ашкеназских еврейских фамилий, особенно распространённых на территории бывшей Австро-Венгрии, Галиции и юга Российской империи. Фамилии на -ер в идише часто обозначали профессию или место жительства: например, Гольдшмидт (золотых дел мастер) или Берлинер (из Берлина). Перлинер, скорее всего, означает «тот, кто имеет дело с жемчугом» — ювелир, торговец жемчугом или, в более широком смысле, человек, занимающийся перламутром и украшениями.

Вторая, менее очевидная версия — топонимическая. В Восточной Европе существовали местечки и хутора с названием вроде Перлин или Перлино, и фамилия могла означать «выходец оттуда». Однако географических объектов с таким именем известно крайне мало, поэтому профессиональная версия выглядит убедительнее. В пользу этого говорит и то, что в еврейской ономастике фамилии, образованные от названий драгоценных камней и металлов, встречаются сплошь и рядом: Рубинштейн, Сапфир, Гольдберг.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и не склоняется у женщин (Иван Перлинер, Анна Перлинер). Встречается она в основном в метрических книгах и архивных записях XIX — начала XX века из западных губерний (Волынская, Подольская, Киевская), а также у эмигрантов первой волны. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, известных широкой публике, — это фамилия ремесленников, торговцев и мелких предпринимателей, что полностью соответствует её вероятному профессиональному корню.