Фамилия Пержун — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище, связанное с характером или внешностью. Суффикс -ун в русских фамилиях образует названия лиц по действию или свойству: бегун, крикун, ворчун. Пержун — человек, обладающий качеством, выраженным корнем перж-.

Корень этот не очевиден, и здесь возможны две основные версии. Первая и самая вероятная — связь с глаголом «пердить» (выпускать газы). В старых говорах «пержун» или «пердун» — прозвище, которое давали либо человеку с соответствующей физиологической особенностью, либо, в переносном смысле, пустому болтуну или хвастуну (ср. «пускать пыль в глаза»). Прозвища такого рода были грубоваты, но широко распространены в крестьянской среде, где не было принято стесняться телесных проявлений.

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию из украинского или польского диалекта. В польском perzyć się означает «злиться, горячиться», а perz — пырей (сорная трава). Тогда Пержун мог быть вспыльчивым человеком. Однако фонетически «Пержун» ближе к русским «пердеть/пердун», чем к польскому perzyć, поэтому физиологическая версия выглядит правдоподобнее.

Что касается географии, фамилия тяготеет к западнорусским и украинским областям — её фиксируют в Белгородской, Брянской областях, а также в Молдове (возможно, через украинское переселение). Встречаемость крайне низкая: по разрозненным данным, носителей Пержун в России не более нескольких сотен человек.

Социально фамилия однозначно крестьянская. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно. Суффикс -ун не образует притяжательных форм (как -ов/-ин), а указывает на личное качество — это типичная черта прозвищных фамилий, которые давались в деревне за глаза и закреплялись в документах.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Пердунов встречается значительно чаще, но «Пержун» сохранила более древнюю, неадаптированную форму без суффикса -ов. Это говорит о том, что она могла закрепиться в письменных источниках раньше или в регионе, где фамилии оформляли не через патроним, а напрямую из прозвища.