Пещерков — фамилия, которая с высокой вероятностью указывает на географическое или топографическое прозвище предка. Основа «пещер-» прямо отсылает к слову «пещера». Человек мог получить такое прозвище, если жил недалеко от пещеры, часто бывал в ней, или же его дом имел характерную особенность — например, был вырублен в скале или стоял у входа в грот. В русской ономастике фамилии, образованные от названий природных объектов (гора, река, лес), встречаются часто, но «пещера» — корень более редкий, чем, скажем, «горка» или «озеро».

Суффикс «-ков» указывает на модель образования, типичную для русских фамилий: сначала от прозвища Пещерка (уменьшительно-ласкательная форма) или Пещерок образовалось притяжательное прилагательное «Пещерков» — «чей?» — «сын Пещерка». То есть фамилия закрепилась в форме отчества. Если бы основой было слово «пещер» без уменьшительного суффикла, мы бы получили фамилию Пещеров, но «-к-» в середине говорит о том, что прозвище имело ласкательный или уменьшительный оттенок.

В географическом плане фамилия Пещерков не привязана к какой-то одной области, но логично предположить, что она могла возникнуть в регионах с карстовыми ландшафтами — на Урале, в Крыму, в Поволжье, где есть пещеры и овраги. Встречаемость фамилии по современным данным невысока, что тоже подтверждает её локальное происхождение: носители, скорее всего, ведут род из одного или нескольких сёл, где когда-то жил человек с таким прозвищем.

Есть и менее очевидная версия: прозвище Пещерка могло относиться к человеку, который занимался добычей чего-либо в пещерах (например, селитры или глины), или к отшельнику, жившему в пещере. Но первое объяснение — по месту жительства — остаётся самым простым и правдоподобным, без натяжек. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам и, судя по форме, принадлежала крестьянскому или мещанскому сословию.