Фамилия Петруковский образована по самой распространённой в славянском мире модели — от личного имени с помощью суффикса -ский. Такие фамилии в старину указывали на владельца поместья или место, откуда человек родом. Основа здесь — имя Пётр в одной из его уменьшительных форм, а именно Петрук. Это украинское или белорусское производное от Петра, вроде русских Петруша или Петруха. Суффикс -ук в тех краях типичен для имён и прозвищ: Богдан — Богданук, Иван — Иванюк. Значит, Петруковский — потомок человека по прозвищу Петрук.

Вероятнее всего, фамилия имеет западнорусское происхождение, тяготеет к землям современной Украины, Беларуси и юго-запада России. Там суффикс -ский чаще всего был дворянским или шляхетским, но не обязательно. В XVIII-XIX веках такие фамилии массово получали и крестьяне, и духовенство — по названию села или церковного прихода. Если Петруковский — дворянин, то фамилия могла возникнуть от названия имения Петруково или Петруковка, владельцем которого был некий Петрук. Если крестьянин или мещанин — её могли дать при переписи по отцу: «чей сын?» — «Петруков», а затем оформить на польский манер в -ский.

Интересно, что фамилия Петруковский встречается в двух основных вариантах написания: через «о» (Петруковский) и, реже, через «а» (Петруковский), что отражает местное произношение. Встречается и однокоренная фамилия Петруков — она старше и проще по форме, без суффикса -ский. Петруковский — это уже более поздняя, «географическая» или «официальная» переделка, типичная для эпохи, когда фамилии унифицировали по польскому образцу. В целом, носитель фамилии Петруковский почти наверняка имеет корни в среде, где говорили на украинском или белорусском языке, а его предок носил имя Пётр в ласковой форме Петрук.