Фамилия Пилинко звучит по-украински, и это сразу подсказывает, где искать её корни. Она образована от прозвища Пилин, которое легло в основу фамилии с помощью типичного для украинских фамилий суффикса -ко. Такой суффикс часто указывал на молодого человека, сына или ученика, то есть Пилинко — буквально «сын Пилина» или «маленький Пилин».

Само прозвище Пилин, скорее всего, происходит от украинского слова «пил» — «полати». Полатями называли деревянный настил в крестьянской избе, устроенный между печью и противоположной стеной. Это было тёплое и уютное место для сна, и прозвище Пилин могло закрепиться за человеком, который любил подольше полежать на полатях, а потому слыл лентяем и бездельником. Впрочем, не исключено, что прозвище дали и просто любителю поспать — без всякой осуждающей окраски.

Менее убедительная версия связывает прозвище Пилин со словом «пилон» — массивной колонной, служащей опорой арок и сводов. Тогда предок Пилинко мог быть строителем или каменщиком. Но эта гипотеза выглядит натянутой: слишком далеко от бытового украинского слова до архитектурного термина, вряд ли крестьяне использовали «пилон» в повседневной речи. Поэтому версия с полатями правдоподобнее.

Чередование гласных в корне, когда «о» в «пилоне» меняется на «и» в «Пилине», — результат исторических языковых процессов, а не случайная ошибка. Позже прозвище Пилин, которое изначально существовало рядом с наследственным именем, полностью вытеснило его и в быту, и в официальных документах. Так и закрепилась фамилия Пилинко — с намёком на характер или привычки далёкого предка.