Фамилия Пилипкова — женская форма фамилии Пилипков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ков (-ова) указывает на принадлежность: Пилипков — это буквально «сын Пилипка». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён. В основе лежит имя Пилип — народная, разговорная форма канонического имени Филипп. В русском языке звук [ф] в просторечии часто заменяли на [п] (ср. Пилип, Пилипок), а греческое «Филиппос» («любящий коней») через украинское и белорусское посредничество дало формы с начальным «П».

Суффикс -ок в основе Пилипок — уменьшительный, часто использовавшийся для домашних, обиходных имён в XVII–XIX веках. Так Пилипок — это «маленький Филипп» или, скорее, ласковое обращение к сыну или младшему члену семьи. Фамилия Пилипков, а значит и Пилипкова, возникла, когда такое прозвище или отчество закрепилось за родом. В документах фамилия могла фиксироваться и как Пилипенко (украинский вариант), но форма на -ков — русская по происхождению, хотя и впитавшая южнорусское или украинское произношение имени.

Географически фамилия Пилипкова чаще встречается в регионах, где исторически было смешение русского и украинского населения: в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани. Встречается она и на юге России, и в Сибири — туда её принесли переселенцы. В отличие от фамилий на -ин (Пилипин), которые могли образоваться от женских прозвищ, Пилипкова однозначно восходит к мужскому имени.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичную фонетику: замена «ф» на «п» — живая черта народной речи, которая в фамилиях застыла и не «исправилась» под влиянием книжного произношения. Предки носителей фамилии Пилипкова были, скорее всего, крестьянами или мещанами, а само прозвище Пилипок могло закрепиться за человеком, носившим имя Филипп, но в быту звавшимся по-простому — Пилип.