Фамилия Пилипцова — женская форма фамилии Пилипцов, и её разбор стоит начать именно с мужского варианта, так как в нём скрыта основная загадка. На первый взгляд, основа «Пилип-» ясна: это просторечная, народная форма имени Филипп (от греч. «любящий коней»). В русских говорах имя Филипп превращалось в Пилип, и от него образовано множество фамилий: Пилипенко, Пилипчук, Пилипко. Но суффикс «-цов» вносит неожиданный поворот.

Самая прямая версия: Пилипцов — отчество от прозвища Пилипец. То есть предка звали не просто Пилип, а Пилипец — уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма, как Иванец от Иван или Федорец от Фёдор. Такой суффикс мог указывать на молодого человека, сына Пилипа («маленький Пилип»), либо на человека с заметной чертой, связанной с именем. Фамилия Пилипцов (а значит, и Пилипцова) по этой модели означает «чей?» — «сын Пилипца». В русском языке фамилии на -цов, в отличие от украинских на -ец, встречаются реже, что делает эту фамилию более локальной.

Однако есть и менее очевидная версия, связанная с географией. В южнорусских и украинских говорах слово «пилип» могло быть не только именем, но и прозвищем — так иногда называли человека с хриплым голосом, «пиликающего» или говорящего скрипуче (от подражания звуку). В этом случае Пилипец — прозвище, данное по манере речи. Если же учесть, что фамилия Пилипцова встречается в основном в областях, граничащих с Украиной (Белгородская, Воронежская, Ростовская области), то версия с народной формой имени Филипп остаётся самой надёжной.

Ключевая деталь, отличающая эту фамилию от массы однокоренных, — именно суффикс «-ц-» в основе. Подавляющее большинство фамилий от имени Филипп оканчивается на -ов, -ев, -ин или -енко. Пилипцов и Пилипцова стоят особняком: они указывают на то, что предок нёс прозвище Пилипец, а не просто Пилип. Это мог быть человек, выделенный из рода как младший, или же носитель яркого, запоминающегося прозвания. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянской среде такие «простые» отчества с уменьшительным суффиксом встречались редко.