Фамилия Пилькова образована от прозвища Пилик, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «пиликать». Таким образом, прозвище Пилик, скорее всего, относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка. Вероятно, основатель рода Пильковых занимался изготовлением различной домашней утвари из дерева. В таком случае можно предположить, что прозвище Пилик мог получить ученик, которому не удавалось игра на музыкальных инструментах, или человек, обладающий тонким голосом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пилик, со временем получил фамилию Пилькова.