Фамилия Пимин образована от крестильного имени Пимин. В основе лежит каноническая форма Пимин, которую в православных святцах носит преподобный Пимин Великий (IV–V века) и несколько других святых. Имя древнегреческого происхождения: «поймэн» — пастух, пастырь. В быту имя Пимин не было широко распространено, но встречалось в среде духовенства и крестьян северных и центральных губерний России.

По модели образования Пимин — типичная русская фамилия на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я (Пимин → Пимин-ин). В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пимин, то есть сын или потомок человека по имени Пимин. Если бы фамилия произошла от прозвища, основа звучала бы иначе — например, Пимов от прозвища Пим.

Географически фамилия Пимин встречается в основном в центральной России и Поволжье. В архивных записях XVII–XVIII веков попадаются крестьяне Пимины в Арзамасском и Костромском уездах. Встречается и вариант написания через «о» — Помин, но это, скорее всего, результат диалектного аканья или ошибки переписчика. Родственная фамилия — Пимонов, образованная от полной формы Пимон (разговорный вариант имени Пимин).

Двойственность корня иногда порождает споры: не связано ли имя с просторечным «пим» (валенок) или диалектным «пимать» (хватать, ловить). Однако связь с именем Пимин прямая и подтверждается святцами и ономастическими справочниками (в частности, работами Б. Унбегауна). Прозвищная версия маловероятна: фамилия на -ин от прозвища на -а встречается реже, чем от имени, и в данном случае нет устойчивого прозвищного ряда.

Таким образом, носитель фамилии Пимин с высокой долей вероятности ведёт род от человека, которого в крещении назвали Пимином. Среди предков могли быть священники, дьячки или крестьяне, носившие редкое церковное имя.