Фамилия Пищалина образована от прозвища или нецерковного имени Пищала. В старину так могли назвать человека с громким, резким голосом — «пищащим», либо того, кто изготавливал или использовал пищали. Пищалью в XV–XVII веках называли и разновидность ручного огнестрельного оружия (предок позднейшего ружья), и духовой музыкальный инструмент вроде дудки или свирели. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть либо стрельцом-пищальником, либо музыкантом, либо просто обладателем характерного голоса.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пищалин буквально означает «сын Пищалы» или «человек из семьи Пищалы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных регионах, фамилии на -ин характерны для севера и северо-востока Руси, а также для некоторых областей Поволжья.

География фамилии подтверждает эту привязку. По данным переписей и метрических книг XIX века, Пищалины чаще всего встречались в Вятской, Пермской и Костромской губерниях — как раз в тех краях, где активно развивалось оружейное дело и была сильна традиция прозвищ. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века: например, в переписных книгах Вятского уезда 1678 года упоминается крестьянин Ивашко Пищалин.

Стоит отметить, что существует и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «пищаль» в значении «тощий, худой человек». В некоторых говорах так называли высокого и тонкого человека. Однако основная версия — оружейная или музыкальная — подкрепляется и тем, что однокоренные фамилии (Пищалов, Пищальников) тоже распространены на тех же территориях и имеют ту же логику происхождения.