Фамилия Пишуков образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или нецерковного имени с суффиксом -ук- (Пишук) плюс стандартный патронимический суффикс -ов. Иначе говоря, Пишуков — это «сын Пишука». Ключевой элемент здесь — основа «Пиш-», которая может отсылать к двум разным корням.

Самая прямая версия: прозвище Пишук дали человеку, который много и охотно писал. В допетровской Руси грамотных людей было мало, поэтому писцов, дьяков и подьячих часто называли по их занятию. Прозвище Пишук могло закрепиться за грамотеем, переписчиком книг или просто за тем, кто любил сочинять бумаги. В этом случае фамилия — ровесница таким «профессиональным» фамилиям, как Писарев, Дьяков, Подьячий.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже имеющая право на существование: связь с диалектным глаголом «пишукать» или «пищать». В некоторых говорах «пишук» — это прозвище тонкоголосого, плаксивого человека или ребёнка. Однако эта версия слабее: суффикс -ук- в русских прозвищах чаще указывает на деятеля (ср. Грызук, Колотук), чем на обладателя признака. Поэтому первая гипотеза — «писарь, грамотей» — выглядит убедительнее.

Суффикс -ук- в основе Пишук — не самый частый для русских фамилий, он более характерен для украинской и белорусской ономастики (ср. Грицук, Павлюк). В русском контексте такие формы встречаются в южных и западных регионах, например, в бывших Смоленской, Брянской, Курской губерниях. Это подсказывает, что предки носителей фамилии Пишуков могли происходить из зоны русско-белорусского пограничья, где смешивались языковые и словообразовательные традиции.

Фамилия не относится к числу древних аристократических: в дворянских родословных книгах она не зафиксирована. Скорее всего, это поздняя крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда фамилии начали массово закрепляться за податными сословиями. Встречается она довольно редко, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических разысканий.